Во времена Ивана Грозного (скорее всего, в 1570-х гг.) церковь была капитально перестроена. Церковь превращена в высокую башню высотой 56 метров с площадкой для дозорных. Церковь увенчал высокий глухой шатер (окна в гранях шатра были сделаны позднее), основание которого опирается на несколько ярусов кокошников – так называемое «огненное» завершение объема. Эта колокольня стала первой на Руси, которую украсил шатровый верх; впоследствии такие завершения распространились по всей Руси, став практически самыми популярными в храмовой архитектуре.
Опричник-немец Г. Штаден писал в своем отчете австрийскому императору о том, что вывезенный из Новгорода пятисотпудовый колокол (не «благовестник» ли, отлитый архиепископом Макарием в честь рождения у князя Василия III сына-наследника, Ивана IV?) был повешен «между башней и церковью», т. е. на существовавшей в 1570 году двухстолпной звоннице (В лето 1530-е «Егда бысть рождение государя, великого князя Ивана Васильевича всея Руси, тогда в Великом Новгороде вылили колокол к соборной церкви святой Софеи, повелением боголюбивого архиепископа Великого Новгорода и Пскова владыки Макария, велик добре...»).
Он же писал о том, что царь с сыном Федором и Малютою ходил звонить в колокола к заутрени. Удивленный мастерством царевича, Иван заметил однажды сыну: «Да ты сын-то не царский, а пономарский».
Взамен новгородского «благовестника» в 1571 году «повелением государя-царя и великого князя Ивана Васильевича слит бысть колокол новый в Великий Новгород... А делал мастер Иван Афанасьев». В те времена не каждого называли мастером и полным именем. В конце XVII века на Распятской колокольне висело двенадцать колоколов, один из них пятисотпудовый «благовестник».
После указа царя Петра Первого о присылке в Москву «срочно и безотказно» к февралю 1701 года монастырских колоколов для переплавки на пушки новгородский великан «приказал долго жить». Неудачное «дело» под Нарвой со шведами оставило Россию без артиллерии. «И без звона молиться можно, — сказал Петр, — была бы вера».